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OFERTA DE TRABAJO EN LA UNIDAD DE BIOCOMPUTACION CNB-CSIC

La Unidad de Biocomputacion del Centro Nacional de Biotecnologia-CSIC, en colaboracion con sus Unidades Asociadas en la Universidades Complutense y de Malaga así como con la Universidad San Pablo CEU, trabaja en la interfaz entre la biologia molecular y la ingenieria, desarrollando nuevas aproximaciones a la biologia estructural y computacional. Asi mismo, y en la actual epoca postgenomica, trabaja en nuevas formas de extraer nuevo conocimiento biologico mediante tecnicas de mineria de datos. Para mas información, consúltese la pagina web en http://biocomp.cnb.csic.es/Biocomp/

De esta forma, y de una manera eminentemente interdisciplinar, hemos realizado importantes avances en el campo del procesamiento de imagen (Pascual-Montano et al., IEEE PAMI, 2006; Sorzano et al., Pattern Recognition, 2006; Marabini et al., IEEE Tran. Image Processing, 2004), en la extracción de nuevo conocimiento biologico mendiante tecnicas de mineria de datos (Chagoyen et al., 2006, BMC Bioinformatics ("highly accessed"); Carmona-Saez et al., 2006a y 2006b, BMC Bioinformatics) que, a su vez, han permitido importantes avances concretos, por ejemplo en nuestro conocimiento de la maquinaria asociada a los primeros eventos de la replicacion del DNA (Valle et al., J.Mol.Biol., 2006; Nunez et al., J.Mol.Biol., 2006; Gomez-Llorente et al., J. Biol. Chem. 2005 (con portada)). Se trata, pues, de desarrollos de la maxima calidad en areas de ingenieria relacionadas con el procesamiento de informacion que posteriormente se aplican a la obtencion de resultados experimentales en biologia que son tambien de la maxima calidad.

Es en este contexto en el que buscamos recientes ingenieros (telecomunicaciones, informatica....) o licenciados (fisicos, matematicos, quimicos....) con la ilusion de concebir, implementar, chequear y, finalmente, aplicar a problemas experimentales concretos nuevas formas de gestionar y analizar grandes volumenes de datos procedentes o bien de imagenes de microscopia electronica o bien de otras fuentes de conocimiento biologico. Buscamos a jovenes motivados por la investigacion, con conocimientos o la capacidad para adquirirlos en areas como bases de datos y mineria de datos, abiertos a relacionarse estrechamente con otros compañeros de laboratorio en el contexto de un trabajo interdisciplinar, deseosos de afrontar, comprender y resolver problemas biologicos concretos y punteros.

Se ofrece una beca/contrato (segun legislacion vigente) predoctoral asociado a proyecto Europeo, estando abierta tambien la posibilidad de incorporacion con un contrato de apoyo tecnologico.

Los interesados pueden contactar a Jose Maria Carazo (carazo@cnb.csic.es), Carlos Oscar Sanchez Sorzano (coss@cnb.csic.es; coss.eps@ceu.es) o Alberto Pascual (pascual@cnb.csic.es; pascual@fis.ucm.es)

REFERENCIAS (muy recientes)

  • Pascual-Montano A, Carazo JM, Kochi K, Lehmann D, Pascual-Marqui RD., "Non-smooth Non-Negative Matrix Factorization (nsNMF)", IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence; 28(3):403-415 (2006)
  • Sorzano CO, Marabini R, Herman GT, Carazo JM., "Multiobjective algorithm parameter optimization using multivariate statistics", Pattern Recognition (in press) (2006)
  • Marabini R, Sorzano CO, Matej S, Fernández JJ, Carazo JM, Herman GT. , "3D reconstruction of 2D crystals", IEEE Transactions on Image Processing; 13(4):549-561 (2004)
  • Carmona-Sáez P, Pascual-Marqui RD, Tirado F, Carazo JM Pascual-Montano A. "Biclustering of gene expression data by non-smooth non-negative matrix factorization", 2006a, BMC Bioinformatics (in press)
  • Chagoyen M, Carmona-Sáez P, Shatkay H, Carazo JM, Pascual-Montano A. "Discovering semantic features in the literature: a foundation for building functional associations", 2006, BMC Bioinformatics, Jan 26;7(1):41
  • Carmona-Saez P, Chagoyen M, Rodriguez A, Trelles O, Carazo JM Pascual-Montano A. "Integrated analysis of gene expression by association rules discovery", 2006b, BMC Bioinformatics, Feb 7;7(1):54
  • Valle M, Chen XS, Donate LE, Fanning E, Carazo JM. "Structural Basis for the Cooperative Assembly of Large T Antigen on the Origin of Replication", Journal of Molecular Biology; (in press) (2006)
  • Ramírez R, Robledo Y, Mesa P, Ayora S, Alonso JC, Carazo JM, Donate LE., "Quaternary Polymorphism of Replicative Helicase G40P: Structural Mapping and Domain Rearrangement", Journal of Molecular Biology; (in press) (2006)
  • Gomez-Llorente Y, Fletcher RJ, Chen XS, Carazo JM, San Martin C, "Polymorphism and double hexamer structure in the archaeal helicase MCM from Methanobacterium thermoautotrophicum", Journal of Biological Chemistry; 280(49):40909-40915 (2005) (con portada)